Zoeken in GGD Amsterdam
Pad tot huidige pagina
Verbergen
De GGD richt zich op alle inwoners van Amsterdam,­ Aalsmeer, Amstelveen, Diemen, Ouder-Amstel en Uithoorn.

Moleculaire diagnostiek

1 augustus 2017
  • Moleculaire diagnostiek

Algemeen

  • Het GGD Streeklaboratorium voert dagelijks nucleïnezuur analyses (PCR, TMA) uit ter ondersteuning van de microbiologische diagnostiek. Per ziektebeeld wordt vermeld welke amplificatietest geschikt kan zijn en op welke manier de afnamematerialen ingestuurd moeten worden. Naast de besproken mogelijkheden kunt u in overleg altijd ook andere materialen laten testen op bepaalde PCR targets. Mogelijk zijn deze testen in combinatie met het opgestuurde materiaal niet gevalideerd en zal dat vermeld worden bij de uitslag.
  • Voor alle inzendingen voor moleculaire diagnostiek geldt dat de materialen zo spoedig mogelijk na afname ingeleverd moeten worden op het Streeklaboratorium vanwege nucleïnezuur (DNA/RNA) afbraak. In de regel dienen droge (wattenstok) materialen binnen een week na afname en vloeibare materialen binnen 2 dagen na afname op het Streeklaboratorium in ontvangst genomen te moeten zijn. Verzending via post is mogelijk (zie 'Monsters inzenden via post' voor juiste manier van verzenden). De materialen dienen op de dag van de bepaling om uiterlijk 10.00 uur op het Streeklaboratorium aanwezig te zijn. De testuitslag is dan in de regel de volgende werkdag en uiterlijk binnen 2 werkdagen beschikbaar, Enkele bepalingen worden minder vaak verricht; indien dit het geval is wordt dit verderop specifiek in de tekst genoemd.
  • Gebruik bij voorkeur de door het Streeklaboratorium (gratis) verstrekte afname materialen. Afname van blaasjesvocht, huid laesies en andere lichamelijke oppervlakken doet u met een droge starre wattenstok met plastic drager, maar NIET van hout of metaal (zie foto 1). In geval van holtes (bijvoorbeeld neus) kan een flexibele droge wattenstok gebruikt worden (zie foto 2). Stop de wattenstok in de oorspronkelijke huls en stuur deze droog op bij kamertemperatuur.
  • Voor het testen van vloeibare lichaamsmaterialen dient men in de regel nodig minimaal 0,5 ml in te sturen in een steriele, lekvrije container. Voor testen op bloed-overdraagbare ziekteverwekkers is in de regel 1 buis EDTA bloed (paarse dop) met minimaal 5 ml bloed(plasma) nodig

Respiratoire aandoeningen

  • Bij verdenking op een respiratoire infectie kunt u een keel wattenstok en/of neus wattenstok insturen. Het is belangrijk om goed langs de wand van de keel (farynx) en het neusslijmvlies te strijken. Tevens kan het onderzoek worden uitgevoerd op BAL, spoelsel/sputum en andere (vloeibare) respiratoire materialen.
  • In geval van verdenking op een respiratoire virusinfectie wordt een ‘ARI (acute respiratoire infectie)-Basis’ pakket verricht waarbij getest wordt op infuenza A en B virus, rhinovirus, RSV en adenovirus.
  • In geval van verdenking op kinkhoest wordt een PCR op Bordetella pertussis , Bordetella parapertussis en/of Bordetella species uitgevoerd. Hiervoor moeten de volgende punten in acht worden genomen:
  • kinderen onder de 1 jaar: altijd PCR, eventueel later serologie
  • personen ouder dan 1 jaar en hoesten korter dan drie weken: PCR en serologie;
  • personen ouder dan 1 jaar en hoesten langer dan 3 weken: alleen serologie.
  • bij niet-gevaccineerde of immuun-gecompromitteerde personen: altijd PCR, eventueel later serologie.Voor overige bacteriële en virale pathogenen is het mogelijk om specifieke PCR aanvragen te doen op Mycoplasma pneumoniae en Chlamydia pneumoniae, para-influenza virus type 1, para-influenza virus type 3, Coronavirussen zoals NL63, 229E , en OC43, humaan Metapneumovirus (hMPV), en pan-enterovirussen.
  • Voor het testen op Q-koorts/ Coxiella burnetti met PCR kan EDTA bloed (paarse buis) of plasma worden ingestuurd. Voor een valide test is minimaal 2 ml plasma of 1 buis met 5 ml EDTA bloed nodig.
  • Voor de PCR worden bij voorkeur twee droge wattenstokken worden afgenomen, één keeluitstrijk met een starre wattenstok (foto 1) en één nasopharynx uitstrijk met een flexibele wattenstok (foto 2).
  • Per extra PCR target komt er een kleine meerprijs bovenop het ‘ARI basis pakket,’ indien dit ook was aangevraagd

Blaasjesvocht, genitale laesies en andere huidaandoeningen

Bij verdenking van een herpes infectie in geval van blaasjes, (genitale) laesies en andere huisaandoeningen kan getest worden op herpes simplex virus type 1 en 2 (HSV-1 en HSV-2). Deze test wordt type-specifiek uitgevoerd in combinatie met een PCR test op varicella zoster virus (VZV). Dit herpes virus multiplex PCR pakket wordt voor de prijs van één PCR aangeboden en levert de aanvrager meer informatie op, zonder meerkosten.Voor de herpes multiplex PCR moeten twee droge wattenstokken per blaasje of per laesie worden ingezonden, om de kans te optimaliseren om beide types herpes simplex virus te detecteren. Stop elke stok in de oorspronkelijke huls en stuur ze droog op bij kamertemperatuur.Bij verdenking op een herpes infectie moet er in geval van genitale laesies ook gedacht worden aan een syfilis infectie, veroorzaakt door Treponema pallidium (TP). Er wordt dan ook geadviseerd om in dat geval ook een TP-PCR aan te vragen. In zeer zeldzame gevallen kan gedacht worden aan ‘zachte sjanker’ een ulceratieve aandoening die veroorzaakt wordt door infectie met Haemophilus ducreyi (HD). Het GGD Streeklaboratorium is een van de weinige laboratoria in Europa waar ook een HD PCR kan worden aangevraagd.

Neurologische aandoeningen

In het geval van aseptische meningitis, encefalitis en andere aandoeningen van het centrale zenuwstelsel kan een liquor (CSF)-monster (minimaal 0,5 ml) worden ingestuurd om te testen op de aanwezigheid van enterovirus en parechovirus te testen. Ook kunnen deze virussen vaak in feces aangetoond worden wanneer zij een meningitis veroorzaken, zie verder aldaar,

Daarnaast is het van klinisch belang om op herpes simplex virus type 1 en type 2 (HSV-1 en HSV-2) en varicella zoster virus (VZV) te testen. De herpes virus multiplex PCR wordt als pakket uitgevoerd en levert meer informatie, zonder meerkosten.

Naast een virale verwekker kunnen ook bacteriën een rol spelen zoals de verwekker van syfilis, Treponema pallidum. Hiervoor kan, bij verdenking van een onbehandelde primaire of secondaire syfilis infectie een TP-PCR op liquor worden aangevraagd.

Gastro-enteritis (GE) diagnostiek

Voor onderzoek naar verwekkers van gastro-enteritis kan zo vers mogelijk (niet ouder dan 48 uur na productie) feces worden ingestuurd in de daartoe geëigende container. Graag een klein schepje feces (ongeveer 25 ml feces of vloeibare diarree) insturen; ongeveer 1 ml volstaat voor een moleculaire test. Ook is het mogelijk om een ‘fecal swab’ (foto 3) te gebruiken die in de vers geproduceerde feces wordt gestoken en vervolgens terug gestopt in de huls met buffer.

De meest frequente veroorzaker van virale gastro-enteritis (vGE) is norovirus (genotype II het vaakst, maar ook genotype I). Bij gegronde verdenking is het mogelijk om een specifieke aanvraag op norovirus te doen. Daarnaast zijn rotavirus, astovirus en adenovirus vaak veroorzakers van vGE. Het virale GE pakket bestaat uit alle genoemde virussen en kan bij onbekende etiologie het beste worden aangevraagd. Gastro-enteritis kan ook veroorzaakt worden door een enterovirus /parechovirus infectie en ook dit kan getest worden op een fecesmonster.

Bacteriële gastro-enteritis (bGE) wordt vooral veroorzaakt door verschillende species van Campylobacter, Salmonella, Shigella en Yersinia. Deze bacteriële targets zijn in één PCR pakket aan te vragen.

Shigatoxine producerende Escherichia coli (STEC) kan in feces van patiënten direct worden aangetoond door middel van PCR. De Shigatoxine producerende E. coli wordt ook wel entero-hemorragische E. coli (EHEC) genoemd. In het Streeklaboratorium wordt met PCR getest op de 2 genen stx1 en stx2 die in deze bacteriën aanwezig zijn. Indien één van beide PCR targets positief is wordt de uitslag als STEC-positief doorgegeven.

Parasitaire gastro-enteritis (pGE) wordt vaak veroorzaakt door Giardia lamblia, Entamoeba histolytica en Cryptosporidium parvum. De parasieten PCR wordt in één PCR pakket uitgevoerd. Hiermee worden zowel de actieve vorm (trofozoïet) als de cyste of sporozoïet vorm gedetecteerd.

In geval van onbekende GE etiologie is het goed om alle drie de PCR pakketten, vGE, bGE en pGE aan te vragen als één GE PCR pakket.

Wanneer geen van bovengenoemde verwekkers aangetoond kan worden dan zijn er nog zeldzaam gevonden verwekkers van GE zoals sapovirus, Plesiomonas en Aeromonas species. Deze testen worden (nog) niet uitgevoerd op het GGD Streeklaboratorium maar de materialen kunnen voor nader onderzoek worden doorgestuurd naar andere geaccrediteerde laboratoria die deze testen wel uitvoeren. Onderzoek op Clostridium difficile is op het Streeklaboratorium wel mogelijk, via toxinetest en kweek

Soa diagnostiek

Testen op de aanwezigheid van Chlamydia trachomatis en Neisseria gonorrhoeae vindt plaats door middel van TMA, een zeer sensitieve nucleïnezuur amplificatie methode gebaseerd op de detectie van RNA. Materialen die positief getest worden op Chlamydia trachomatis en afkomstig zijn van anus/proctum, ulcus of andere genitale uitstrijken van mannen, kunnen getypeerd worden op Lymphogranuloma vernereum (LGV). Alle types LGV, worden gedetecteerd; nadere subtypering is op aanvraag mogelijk.

Voor vrouwen: wattenstokjes inzenden van cervix, vagina of urethra. Bij anaal seksueel contact ook uitstrijk van anus/proctum insturen. Het is ook mogelijk om door de patiënte zelf afgenomen vaginale wattenstokken in te sturen of eventueel urine. Voor mannen: urinemonster, bij voorkeur 'eerste stroom' urine; bij anaal seksueel contact ook uitstrijk van anus/proctum insturen. Bij verdenking op pharyngeale gonorroe: keeluitstrijk insturen. Bij ooginfecties en verdenking op chlamydia of gonorroe: ooguitstrijk insturen.

Er is ook een TMA test beschikbaar voor) diagnostiek op Trichomonas vaginalis(TV) als soa pathogeen. Omdat uit studies is gebleken dat TV eigenlijk alleen gedetecteerd wordt bij vrouwen wordt afgeraden om TV TMA op mannelijke urine aan te vragen. Voor vrouwen: wattenstokjes inzenden van vagina, cervix of urethra. Het is ook mogelijk om door de patiënte zelf afgenomen vaginale wattenstokken in te sturen.

Daarnaast zal het in 2016 mogelijk worden om een TMA test op Mycoplasma genitalium (MG) aan te vragen. Deze diagnostiek bestaat al enkele jaren als PCR test en aanvraag voor zowel mannen als vrouwen is mogelijk op genitale monsters. Hiervoor kan ook een droge starre wattenstok worden ingezonden (Foto 1)

Voor alle soa pathogenen moeten ”Aptima” afname materialen ingezonden worden. Deze zijn gratis beschikbaar voor inzenders. De volgende afnamemethodes met bijbehorende media zijn mogelijk:

  • Witte buis voor universele uitstrijk. Deze kan gebruikt worden voor afname door arts voor cervix-, vagina, uretra-, keel- en ooguitstrijken (Foto 4).
  • Oranje buis voor zelfafname vaginale uitstrijk. Dezelfde buis kan ook gebruikt worden door patiënten voor zelfafname rectale uitstrijken.
  • Gele buis voor urine (Foto 5). Voor zowel zelfafname als voor afname door arts of assistente.

Het insturen van uitstrijken voor de kweek op gonorroe is zinvol indien u bijvoorbeeld de gevoeligheid van een stam wilt weten. Materiaal voor kweek op Neisseria gonorrhoeae moet de dag van afname (dus binnen zes uur) op het laboratorium worden aangeleverd in Amies transportmedium (Foto 6)

Virale hepatitis

Voor de hepatitis A virus (HAV) PCR kan feces materiaal of EDTA-bloed (plasma) worden ingestuurd. Indien gewenst kan een typering door sequentie analyse plaatsvinden.

De hepatitis C virus (HCV) PCR al dan niet inclusief typering volgt op een positieve antistof bepaling op de afdeling serologie, Als het monster HCV-RNA positief is bevonden, kan een typering door sequentie analyse plaats vinden. Dit dient separaat op het aanvraag formulier vermeld te worden.

De HCV en HAV typering wordt één maal per week uitgevoerd

Mycobacterium tuberculosis

De directe PCR op de aanwezigheid van Mycobacterium tuberculosis complex in patiënten materiaal is gevalideerd voor respiratoir materiaal, maar niet voor bloed en urine. Deze PCR op wordt tweemaal per week gedaan ( dinsdag en vrijdag). Hiervoor vers materiaal in sturen, dus niet op een wattenstok. De uitslag is de volgende dag beschikbaar.

Bij een positieve ZN van een tot dan toe onbekende TBC patiënt wordt standaard een Mycobacterium tuberculose complex PCR en een kweek uitgevoerd

Resistente microben diagnostiek

In de regel is er een positieve kweek, bij voorkeur een reinkweek nodig van patiënt materiaal dat verdacht is op de aanwezigheid van bijzonder resistente bacteriën. Voor de volgende bacteriën zijn moleculaire typeringen beschikbaar.

Vancomycine resistente enterococcen (VRE) kunnen met PCR gedetecteerd worden, na aankweek van het directe patiënten materiaal. Er wordt getest op de aanwezigheid van de vanA en vanB genen als indicatie voor vancomycine resistentie,naast de aanwezigheid van een specifiek atpA gen, voor de aanwezigheid van Enterococcus. faecium.

De Staphylococcus aureus/ MRSA PCR kan op direct patiënten materiaal door ons worden uitgevoerd. Er kan ook ter confirmatie een bacteriesuspensie of een beënte bloedplaat worden ingestuurd. Deze test wordt op alle dagen uitgevoerd tijdens openingstijden van het laboratorium.

Bacteriële vaginose diagnostiek

In 2016 zal een nieuwe moleculaire test beschikbaar komen voor de diagnose ‘bacteriële vaginose’.

Neem voor details contact op met het GGD Streeklaboratorium

foto 1 witte droge stok

foto 2 blauwe flexibele stok

foto 3 groene fecal swab

foto 4 witte aptima buis

foto 5 Gele aptima buis voor urine

foto 6 Amies medium